馬軍于1999年發(fā)表了他的著作《中國水危機(jī)》。2004年，他入選耶魯世界學(xué)者項(xiàng)目。2006年，他創(chuàng)立了公眾環(huán)境研究中心（IPE），并且領(lǐng)導(dǎo)開發(fā)和推出了中國第一個(gè)公眾環(huán)境數(shù)據(jù)庫，以及“蔚藍(lán)地圖”這款移動應(yīng)用程序，它能夠可視化空氣、水、海洋和土壤質(zhì)量數(shù)據(jù)，并追蹤數(shù)十萬主要排放單位的表現(xiàn)。

2020 年，他領(lǐng)導(dǎo)推出了“零碳蔚藍(lán)地圖”，并與專業(yè)組織合作開發(fā)了區(qū)域碳達(dá)峰碳中和指數(shù)以及企業(yè)氣候行動指數(shù)（CATI）。許多大型跨國公司和金融機(jī)構(gòu)已經(jīng)將“蔚藍(lán)地圖”數(shù)據(jù)和數(shù)字解決方案納入其采購和投資準(zhǔn)則，這促使超過兩萬家公司公開處理其違規(guī)行為，或測量揭露空氣、水和碳排放數(shù)據(jù)。

2006 年，他被評為“綠色中國年度人物”，并被《時(shí)代周刊》評為全球100名最具影響力人物之一。馬軍還于 2009 年榮獲麥格賽賽獎，2012 年獲得戈德曼環(huán)境獎。2015 年，他獲得斯科爾社會企業(yè)家大獎。2019 年，馬軍被生態(tài)環(huán)境部邀請成為特別觀察員。2022 年，馬軍獲得亞洲協(xié)會頒發(fā)的亞洲創(chuàng)變者獎。